（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、政务公开等工作。

（二）规划发展科（爱国卫生运动委员会办公室）。承担健康南阳战略协调推进工作，组织拟订全市卫生健康事业中长期发展规划、年度规划；指导全市卫生健康服务体系建设；组织有关爱国卫生工作法律、法规、规章和政策的实施与监督。

（三）信息化工作科。承担全市卫生健康信息化建设工作，负责卫生健康服务“互联网+医疗健康”“一网通办”等工作，组织开展全市卫生健康信息统计工作，参与人口基础信息库建设工作。

（四）政策法规科。组织起草卫生健康有关规范性文件；承担有关规范性文件合法性审查和清理工作；承担重大事项决策合法性审查工作；组织开展普法宣传工作；承担行政复议、行政应诉有关工作；负责群众来信来访办理工作，指导全市卫生健康系统信访稳定工作。

（五）体制改革科。承担深化医药卫生体制改革具体工作，研究提出深化医药卫生体制改革政策性措施的建议，承担组织推进公立医院综合改革工作。

（六）行政审批服务科。负责提供卫生健康行政审批项目的法律、政策、标准、办理程序的咨询和指导；负责市本级卫生健康许可项目和确定的其他职权中依申请项目的直接办理、结果公示、档案管理；承担医疗广告的审查工作;负责现场查验人员的管理和监督；负责编制本系统行政审批标准体系。

（七)疾病预防控制科（艾滋病防治工作办公室）。拟订全市重大疾病防治规划、免疫规划和公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善疾病预防控制体系；承担法定传染病疫情信息上报工作；承担市艾滋病防治工作委员会日常工作。

 (八)医政医管科。组织实施全市医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理等行业管理有关政策规范、标准，承担推进护理、康复事业发展工作；监督指导全市医疗机构评审评价工作，组织实施全市公立医院运行监管、绩效评价和考核制度；指导全市院前急救体系建设；负责全市卫生健康行业作风建设工作的组织、协调和管理。

（九)基层卫生健康科。组织实施基层卫生健康政策、标准和规范，指导基层卫生健康服务体系建设，推进家庭医生签约服务和基层卫生综合改革；拟订加强乡村医生队伍建设相关政策性措施；负责基本公共卫生服务项目的综合管理。

（十）卫生应急办公室(突发公共卫生事件应急指挥中心)。承担卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作，指导全市卫生应急体系和能力建设，及时上报突发公共卫生事件及处置信息。

(十一)科技教育科。拟订全市卫生健康科技发展规划，组织卫生健康科研项目实施、新技术评估管理和重点科研基地建设工作；落实国家政策并组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育工作；指导卫生和计划生育专业技术人员岗位培训工作；协同指导医学院校教育。

(十二) 综合监督科。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为；组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查；完善综合监督体系，指导规范执法行为。

（十三) 药物政策与基本药物制度科。贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度，组织实施药物政策、基本药物药事服务和使用管理的地方性法规和措施；开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警；组织开展食品安全风险监测、评估和交流工作。

(十四)老龄健康科。组织实施并协调落实应对老龄化的政策性措施；组织拟订医养结合的政策性措施，建立和完善老年健康服务体系；承担市老龄工作委员会的具体工作。

(十五)妇幼健康科。组织实施妇幼卫生健康的政策、标准和规范；推进妇幼健康服务体系建设；组织实施妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。

(十六)职业健康科。组织实施职业卫生、放射卫生相关政策、标准；开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作；协调开展职业病防治工作。

（十七）人口监测与家庭发展科。承担人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关建议，组织生育政策的实施，建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度；承担市人口和计划生育领导小组办公室日常工作；指导南阳市计划生育协会业务工作。

（十八）宣传科。组织开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动，承担全市卫生健康科学知识普及、新闻和信息发布工作。

(十九) 保健科。组织实施干部保健工作的政策、规划；负责重要会议、重大活动的医疗保障；负责保健对象的医疗保健工作、市直部门有关干部医疗管理工作；指导全市干部保健工作；承担市保健委员会办公室日常工作。

(二十)财务科。承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计工作；组织实施大型医用管理办法和标准；指导和监督卫生健康专项资金管理和使用；提出医疗服务价格政策建议。

(二十一)人事科（合作交流科）。承担机关和直属单位的人事管理、机构编制、队伍建设、劳动工资、教育培训等工作；指导全市卫生健康行业人才队伍建设工作。组织指导全市卫生健康领域的交流与合作、对外宣传、援外工作；承担机关和直属单位的外事管理工作。

机关党委。负责机关和直属单位的党群、纪检工作。

离退休干部工作科。负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。